Bonsai hooldusel on vaja mitmesuguseid tööriistu. Tavalistest aiatööriistadest saab kasutada vaid oksakääre.

Tööriistad peavad olema tugevad, teritatud riistad teravad, vastasel juhul võidakse bonsaid rängalt vigastada. Tööriistad peavad olema puhtad, nende liigendid korralikult õlitatud.

Tööriistad jagunevad vastavalt hooldustööde liigile:

• istutustööriistad – mullasõel, mullakühvel, väike reha, käärid juurestiku korrigeerimiseks, juuretangid, juurekaabits, lamell mulla tihendamiseks, pintsel mulla pühkimiseks, hari juurestiku pühkimiseks. Istutuse abivahenditeks on mitmesugused erineva mõõduga anumad mullasegu komponentide jaoks ja sobiva suurusega kauss veega bonsai vannitamiseks istutusjärgselt.

• võrahooldustööriistad: pintsetid, sirge ja nõgusa piki- ja ristiteraga lõiketangid, võrsetrimmer, oksatüükatangid, väike oksasaag, käärid. Vanemate puude jaoks on vaja oksakoha freese ja isegi peitleid.

• võrakujunduse tööriistad: erineva jämedusega vasktraat, traaditangid, näpitstangid traadi pingutamiseks. Vanemate puude painutamiseks on vaja painutuskonstruktsiooni.